18321664727
返回首页 在线留言 联系我们
首页 > 企业动态 > 微生物到底是敌是友,宏基因组学带你看清楚

企业动态

微生物到底是敌是友,宏基因组学带你看清楚
更新时间:2020-06-18   点击次数:461次

尽管大肠杆菌是我们再熟悉不过的老朋友,但超过99%的环境微生物是无法在实验室中培养的。过去,人们只能束手无策;如今,凭借宏基因组学以及宏转录组学,人们能够从这种微生物大杂烩中找出病原体。

在6月7-11日举办的美国微生物学会2018(ASM Microbe 2018)年会上,研究人员纷纷介绍了xin的研究进展。他们表示,宏基因组学能够发现培养方法错过的微生物。同时,宏基因组测序能够捕获样品中含有的抗生素抗性基因,而新兴的宏转录组学让人们开始了解RNA病毒,以及哪些基因真正被转录。

瑞士日内瓦大学医院的副教授Jacques Schrenzel认为,微生物学正在迅速改变。不过,宏基因组学和宏转录组学也仍然存在挑战,包括成本。


Schrenzel在演讲时表示,宏基因组学可用来鉴定疑似感染。他回顾了2012年的一个病例,当时一名29岁的葡萄牙女性出现脓肿。尽管培养法和qPCR法检测都显示结果是阴性的,但他们怀疑感染源是布鲁氏菌(Brucella)。

尽管当时已治愈,但患者在四年后复发,并且培养法和qPCR法再次显示检测结果为阴性。为了治疗肝脓肿,研究人员切下了部分肝脏组织,并开展宏基因组测序。他们的确发现了布鲁氏菌的序列,而对照不存在,表明布鲁氏菌是感染源。

同样地,美国梅奥诊所的Morgan Ivy也利用宏基因组测序来发现人工关节感染背后的罪魁祸首。她和同事从168例失败的全膝关节置换术中收集了滑液,一方面用于培养,另一方面开展宏基因组测序。

对于82例培养阳性的病例,宏基因组测序在73个病例中发现了相同的病原体。同时,它也从4例培养阴性的病例中发现了潜在的病原体。这些结果表明,宏基因组测序对鉴定病原体是很有用的,即使样本无法培养。

美国约翰霍普金斯大学的Patricia Simner一直在利用短读长测序和纳米孔测序来检测耐药基因。她表示,目前大约需要两三天才能完成药物敏感性测试,但测序(尤其是纳米孔测序)有望缩短这一时间轴。

她介绍了之前一个病例的情况。这名64岁的女性患者在肝移植后出现脓毒症,开始用万古霉素和美罗培南治疗。培养分析表明肺炎克雷伯菌呈阳性,并将样本送去做药物敏感性测试。不过,Simner表示,利用宏基因组学方法,他们能够提前20小时预测细菌的表型,而无需开展其他检测。

在进一步的耐药性研究中,她和同事发现纳米孔测序能够在几小时内发现细菌耐药性。“纳米孔测序可以说是实时的,”Simner说。不过,尽管他们已经开发了工具来预测和发现常见错误,但它还是很容易出错。

此外,一些研究人员开始转向宏转录组研究。悉尼大学的Eddie Holmes从澳大利亚的一系列动物身上采集样本,对感染它们的病毒和细菌进行分类,具体包括鱼类的流感,座头鲸的呼吸道病毒以及环尾袋貂的兔热病。

“RNA测序是检测病原体的一种强大工具,”他说。不过,他认为这并不便宜,而且生物信息学分析可能也存在挑战。不过,他现在开始利用它来研究人类疾病,特别是蜱传播疾病。

分享到:

返回列表 | 返回顶部
上一篇 : 微生物的接种、分离和培养技术    下一篇 :  古朵生物: 平板细胞克隆形成试验
网站首页 公司简介 产品中心 招聘中心 技术支持 企业动态 联系我们 管理登陆
上海古朵生物科技有限公司版权所有 主营:优质胎牛血清,EA36染色液配制,迪夫快速染色液
GoogleSitemap ICP备案号:沪ICP备19048203号-2 技术支持:智慧城市网
在线客服